第１巻

『パスカルに於ける人間の研究』『人生論ノート』『読書と人生』に収録された五篇「我が青春」「読書遍歴」「消息一通」「哲學はどう學んでゆくか」「哲學はやさしく出来ないか」

第２巻

『史的観念論の諸問題』「ボルツァーノの命題自体」「スピノザにおける人間と国家」「ゲーテにおける自然と歴史」

第２巻独文

ドイツ語論文四編（個別的因果律の論理、真理と確実性、論理学における客観主義、日本の哲学におけるリッカートの意義）

第３巻

『唯物史観と現代の意識』『社会科学の予備概念』『観念形態論』

第４巻

知識哲学（『認識論』『論理と直感』）、弁証法二題、現代思潮と現代哲学思潮

第５巻

哲学諸論考：危機意識の哲学的解明、形而上学の将来性について、世界観構成の理論、人間学と歴史哲学、表現に於ける真理、解釈学と修辞学、ヒューマニズムの哲学的基礎、人間学主義、ヒューマニズムの倫理思想、精神史方法論、充足的経験論、自然主義の倫理思想、形而上学の現象学、倫理と人間、道徳の理念

第６巻

歴史哲学・ 社会科学概論

第７巻

哲学入門、技術哲学、　ほかに辞典用に書かれた項目六点 

第８巻

『構想力の論理』

第９巻

『アリストテレス』『アリストテレスの形而上学』『アリストテレス』（教育）、『ソクラテス』

第１０巻

哲学評論：各種雑誌等に発表された哲学的評論二十八編

第１１巻

文学論稿：各種雑誌等に発表された文学論稿１４編

第１２巻

文学評論と、三木が執筆した辞書項目を採録

第１３巻

宗教関連の評論と、1929～1937年に出た教養と文化に関した評論集

第１４巻

教養と文化評論２です。１９３８（昭和１３）年から１９４３（昭和１８）年までの四四編の評論

第１５巻

評論３「社会と時局」です。１９３４（昭和９）年から１９４３（昭和１８）年までの６８編の評論

第１６巻

新聞紙に寄稿されたコラム集です。１９３５（昭和１０）年から１９４１（昭和１６）年までの間に読売新聞その他に寄稿されたものです。そのうち、『時代と道徳』『現代の記録』は生前、作品社から出版

第１７巻

歴史的研究三篇、小篇多数、西田幾多郎との対談二篇、資料として昭和研究会から発行されたものだが三木清筆と見られる二篇、最後に講演記録一篇

第１８巻

『語られざる哲学』『手記』『哲学的人間学』、遺稿『親鸞』の四篇

第１９巻

『遺稿』『日記』『書簡』、各種評論類の補遺、英文を除く

第２０巻

1986年の全集（全十九巻）刊行後に集められた論文・書簡を収録

第２０巻の２：第二十巻参考篇

第二十巻に収録されている参考篇 "THE CHINA AFFAIR AND JAPANESE THOUGHT" を収録

関連資料第一輯

第1部　第10巻関連：「辯證法とその俗流化」「拙著批評に答ふ」「資本論の冒涜」関連資料

第2部　宗教論争：中外日報紙から

第3部　マルクス主義論争：『マルクス主義』陣営からの三木批判

関連資料第二輯「西田哲学を語る」

西田幾多郎関係を集めました。既収録分に加えて、座談会・対談を雑誌から拾う。

関連資料第三輯「座談会集一」

三木清の参加した座談会・対談1940.4までの分、（第二輯に収録の西田幾多郎関係と『文学界』座談会を除く）

関連資料第四輯「座談会集二」

三木清の参加した座談会・対談を1940.5以降の分をすべて集める（第二輯に収録の西田幾多郎関係と『文学界』座談会を除く）

関連資料第五輯「全集未収録作品」「昭和研究会関連」「講演会記録」「座談会集三」

「全集未収録作品」三木清全集全二〇巻に収録されなかったものすべて集める。（但しＰＤＦ版で１０巻に収録した「山内得立著現象學叙説」を除く）

「昭和研究会関連」三木清の参加した昭和研究会のパンフレットで、直接三木の見解を記録した未収録パンフと、既収録を再掲、あわせて日中戦争期の近衛声明を載せる。

「講演会記録」三木清の講演を新聞記事などからすべて集める。

「座談会集三」三木清の参加した『文学界』座談会をすべて集める。